Nell‘estate del 1205, S. Francesco, ritiratosi in preghiera nell‘allora oratorio campestre, udì parlargli il Crocifisso (ora in S. Chiara), esortandolo a sistemare la chiesa fatiscente.
Nel 1212 vi si insediò S. Chiara con le sue compagne e nel 1224-25 S. Francesco vi compose il Cantico delle Creature.
Le Clarisse di S. Chiara vi vissero finché non si trasferirono nell‘attuale convento nel 1260. Un portico precede la chiesa; alla sua destra si apre la Cappella di S. Girolamo, con affreschi di Tiberio d‘Assisi (1517 e 1522).
All‘interno, navata unica con volta leggermente ogivale e abside decorata con affreschi dell‘inizio del XIV secolo; il Crocifisso all‘altare maggiore è una copia di quello originale conservato a S. Chiara.
Il coro ligneo risale al 1504. Sul lato destro si passa attraverso un vestibolo, con
Crocifissione di Pier Antonio Mezzastris (1482), al giardino di S. Chiara ed agli ambienti conventuali.
Nel chiostro, degli affreschi di Eusebio da S. Giorgio (1507),
Stimmatizzazione di S. Francesco e
Annunciazione; nel refettorio affreschi mal conservati di Dono Doni raffiguranti l‘episodio del Crocifisso parlante e S. Chiara, che benedicendo il pane, su esortazione da parte di Papa Gregorio IX, vi lascia le tracce della croce.