Il tempio risale al periodo tardo-repubblicano, cioè al I sec. a. C.
Fu eretto dai quatuorviri Gneo Cesio e Tito Cesio Prisco a loro spese, ma probabilmente non fu dedicato a Minerva, come si pensò in seguito al ritrovamento di una statua femminile, bensì ad Ercole, di cui si è trovato una lapide votiva.
La facciata è sorprendentemente ben conservata, ancora nello stato originale, con le sue sei colonne scanalate, con capitelli corinzi, che poggiano su dei plinti che, per mancanza di spazio, sono collocati sulla scalinata che si inoltra nel pronao.
Nel 1539 nella sua cella a pianta rettangolare, sfondata allo scopo, si costruì la chiesa di
S. Maria sopra Minerva, ulteriormente modificata in stile barocco nel XVII secolo.
Per
Johann Wolfgang von Goethe, durante il suo viaggio in Italia, questo fu
il primo monumento integro dell‘antichità che avesse visto e ne restò entusiasta (1786).